हौज़ा न्यूज़ एजेंसी के अनुसार, केंद्र सरकार ने स्पष्ट कर दिया है कि "मदरसों में रामायण और महाभारत पढ़ाना अनिवार्य नहीं होगा बल्कि छात्रों के विवेक पर होगा"। नेशनल ओपन स्कूल के दरवाजे सभी के लिए खुले हैं, चाहे वे मदरसे के बच्चे हों या स्कूल या किसी अन्य संस्थान के, चाहे वे उर्दू या हिंदी, संस्कृत, वेद, रामायण या अन्य विषयों का अध्ययन करना चाहते हों, यह उनकी पसंद है।  वे क्या पढ़ना चाहते हैं।

बयान में कहा गया है: "यह पाठक को तय करना है कि वह क्या पढ़ना चाहता है और कोई दबाव या ज़बरदस्ती नहीं होगी। छात्र NIOS द्वारा प्रदान किए गए विषयों के गुलदस्ते से अपनी पसंद के विषयों को चुन सकता है जिसके लिए वह स्वतंत्र है।

अधिकारियों के अनुसार, 50,000 से अधिक छात्रों वाले लगभग 100 मदरसे NIOS के साथ पंजीकृत हैं, जबकि एजेंसी की योजना 500 अन्य मदरसों को मंजूरी देने की है।

इस बीच, जमीयत उलेमा-ए-हिंद ने भी एनआईओएस के नए पाठ्यक्रम के प्रति असंतोष व्यक्त किया है। जमीयत उलेमा-ए-हिंद के अनुसार, NIOS के नए पाठ्यक्रम से उनका कोई लेना-देना नहीं है। पिछले महीने जमीयत उलेमा-ए-हिंद ने छात्रों को धार्मिक अध्ययन के साथ-साथ आधुनिक शिक्षा से लैस करने के लिए एक ओपन स्कूल शुरू किया।

यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि NIOS माध्यमिक, उच्चतर माध्यमिक स्तर और व्यावसायिक प्रशिक्षण के क्षेत्र में खुली और दूरस्थ शिक्षा के माध्यम से स्कूली शिक्षा प्रदान करता है। NIOS पाठ्यक्रम राष्ट्रीय और अन्य राज्य स्तरीय स्कूली शिक्षा बोर्डों के पाठ्यक्रम के बराबर है। NIOS ने ओपन बेसिक एजुकेशन प्रोग्राम के सभी तीन स्तरों पर संस्कृत, हिंदी और अंग्रेजी माध्यम में भारतीय परंपरा में 15 पाठ्यक्रम विकसित किए हैं, जिनमें वैदिक, योग, विज्ञान, व्यावसायिक कौशल और संस्कृत भाषा विषय शामिल हैं। ये पाठ्यक्रम 3 री, 5 वीं और 8 वीं कक्षा के बराबर हैं।